Как изменить строчки файла в операционной системе GNU/Linux, используя потоковый текстовый редактор sed?

sed -i.backup ' /^#/ d ; /^$/ d' /path/configuration.file

-i[suffix], --in-place[=suffix]

Редактирование файла на месте. (возможно создание резервной копии, если используется суффикс). man sed (русский перевод

/^#/ d - Все строчки, которые начинаются с символа: "#"   - будут удалены. 

/^$/ d - Удалить пустые строчки.

Второй вариант:

sed ' {
/^$/d
/^\s*#/d
}' /path/configuration.file 

Так же можно записать последовательность команд для sed`a в файл, и запустить из него:

cat file_with_expressions_for_sed
/^$/d
/^\s*#/d

sed -i.backup -f file_with_expressions_for_sed /path/configuration.file